Trịnh Tùng cho sửa sang cung điện trong kinh thành, một tháng thì hoàn thành; bèn sai Thái phó Dương quốc công Nguyễn Hữu Liêu đến Tây Đô đón xa giá về kinh. Mùa hạ năm đó, Lê Thế Tông đến kinh đô. Ngày 16 tháng 5, vua ngự ở tòa chính điện, nhận lễ mừng của bách quan, đại xá thiên hạ, gia phong cho những ai có công.[31][52] Nhà Lê kể từ khi mất ngôi năm 1527 đến đây mới được trở về chốn xưa nhưng vị thế đã không còn được như trước nữa.

Năm 1593, tướng Mạc Ngọc Liễn lập con của Mạc Kính Điển là Đôn Hậu vương Mạc Kính Cung lên làm vua, cải nguyên Càn Thống. Dư đảng họ Mạc lục tục kéo về hưởng ứng, thế lực nhà Mạc lại mạnh lên, kiểm soát bờ bắc sông Nhị. Ngày 24 tháng 4, Trịnh Tùng đích thân dẫn quân chia quân đánh dẹp, đảng họ Mạc tan chạy. Hải Dương, Sơn Nam cũng dẹp yên dần. Trịnh Tùng sai các tướng đem quân chia giữ các phủ Thượng Hồng, Hạ Hồng, Khoái Châu, Thuận An, Từ Sơn. Lại ra lệnh cho dân xiêu tán ở các huyện trở về nguyên quán yên nghiệp.[53]

Năm 1594, Mạc Ngọc Liễn đưa Mạc Kính Cung chạy ra huyện An Bắc; Trịnh Tùng sai Hoàng Đình Ái tới đánh; Ngọc Liễn chạy sang Tư Minh xin xưng thần với nhà Minh.[51] Hoàng Đình Ái đánh dẹp các vùng phía bắc sông Nhị, giết được nhiều tông thất nhà Mạc. Trong khi đó vào tháng 6, người xã Vũ Lăng, huyện Tiên Minh là Vũ Đăng dấy binh chiếm giữ huyện Siêu Loại, tụ tập bè đảng, tự xưng là La Bình hoàng đế; nhưng nhanh chóng bị bắt giết. Lúc đó Mạc Ngọc Liễn bệnh chết, có thư khuyên Mạc Kính Cung thà chịu lánh thân ở nước ngoài chứ đừng nên mời người Tàu sang hại dân hại nước nhưng con cháu nhà Mạc không chịu nghe theo[54]. Năm 1596, Phan Ngạn đánh dẹp được Mạc Kính Chương, con cháu nhà Mạc lại tâu với vua Minh rằng chính quyền trong nước không phải con cháu họ Lê, vua Minh sai người sang điều tra và gây sức ép buộc nhà Lê phải trả Cao Bằng cho họ Mạc.[55] Mùa xuân năm 1597, Thế Tông phải cùng các tướng đến ải Nam Quan theo đòi hỏi của vua Minh. Tuy vậy chiến tranh giữa hai bên vẫn thường xuyên xảy ra.

Tháng 8 năm 1598, tông thất nhà Mạc là Mạc Kính Dụng họp quân ở huyện An Bác, xưng là Uy vương, lại tìm mưu giết viên thổ quan là Phú Lương hầu để cướp lấy đất đai và dân chúng. Phú Lương hầu đoán nghe được, bèn dùng mẹo đánh lừa, sai vợ con ra đón hàng rồi dụ Kính Dụng vào ở trong một hang núi, bí mật giết hết những người thân thuộc đi theo ông ta, lại mật cho người báo tin về kinh cho Trịnh Tùng biết. Trịnh Tùng sai tướng đến bắt Kính Dụng giải về kinh sư, thắt cổ giết chết.[56]. Cuối năm đó, tướng nhà Lê là Trần Phúc lại đánh lên Cao Bằng, Mạc Kính Cung bỏ chạy sang Long châu, quân triều đình bắt được con thứ của Cung năm đó lên 12 tuổi, giải về kinh thắt cổ đến chết. Mạc Kính Cung ở Long châu hối lộ cho viên thổ quan nhà Minh nhờ đệ lời tâu vua Minh cho Kính Cung được giữ đất Thái Nguyên và Cao Bằng, triều đình bất đắc dĩ phải nghe theo[57].